Настройка - это выполнение работ по настройке системы, интеграция ее с различными сервисами и службами которые используются в работе, таким образом чтобы это соответствовало специфике вашего бизнеса.
Внедрение - это комплексное мероприятие включающее в себя управленческие решения и организационные преобразования, работы по настройке, обучение и поддержку.
Настройка это часть мероприятий по внедрению